FlexUG でも説明はあったのですが、Flash Player 11 の Stage3D についての解説が、Stage3Dコンテンツ制作入門 で掲載されています。
Flashがメインですが、FlashBuilder の説明も記載されてます。 池田さんのサイトClockMakerの記事で、GPUを使ったデモがあるので参考になるかと。
particleeditor を使って、PEXファイルを書き出し。 これを AS3 で使える、Starling Frameworkで使って再生という流れだそうです。
こう言ったアニメーションを作るのって、OpenGL でいちから書くのは大変でフレームワークの理由は必須かと思います。 モバイルアプリで電子書籍とかは、Air For Android, Air For iOS で作るのもありですよねぇ。