OS10.6.6で「く」とことえりでローマ字入力すると「u 」と入力されてしまう。 似たような症状が 「ローマ字打ちが特定の文字でできない」に報告されていたので、その記載のうち以下の対処をしたら、直りました。
以下のファイルを捨てて、再起動。
$HOME/Library/Preferences/com.apple.inputmethod.Kotoeri.plist $HOME/Library/Preferences/com.apple.JapaneseAnalysis $HOME/Library/Preferences/com.apple.KotoeriPreferences.plist $HOME/Library/Preferences/com.apple.KotoeriWordRegister.plist